土地流转合同超二轮承包期是否有效需具体分析。依据《农村土地承包法》等，合同有效需满足缔约能力、真实意愿、合法性及内容确定性。若合同违背法律或损害公共利益，将可能导致合同无效，产生土地权益纠纷及经济损失。
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合同超期视情况处理。若双方同意，可协商续签合同；若存异议，应依据《合同法》等法律解除或诉讼。具体操作：1.协商续签需明确新期限与权益；2.解除合同需按法律程序通知对方；3.诉讼确认需收集证据，通过法院裁决。
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处理土地流转合同超期问题，常见方式有协商续签、依法解除或诉讼确认效力。选择时应考虑合同具体情况、双方意愿及法律规定，确保合法合规，避免纠纷。