初中团员档案可以存放于学校。从法律角度看，学生的个人档案，包括团员档案，是其个人信息的重要组成部分，学校作为教育机构，有责任妥善保管学生的档案。若档案丢失或损坏，可能影响到学生的升学、就业等，问题严重时应及时向学校反映并寻求专业法律帮助。
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从法律角度，初中团员档案在不同情况下的处理方式如下：1. 若学生在校期间，团员档案应由学校团委或相关部门统一保管，学生可通过正规渠道申请查阅或复印。2. 学生升学时，如需将团员档案转入新学校，应提前与学校沟通，按照学校规定的流程办理档案转移手续。3. 学生就业时，如需提供团员档案证明，可向学校申请出具相关证明文件，确保个人信息的准确性和完整性。4. 若遇到学校保管不善导致档案丢失或损坏的情况，学生应及时向学校反映，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
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从法律角度，初中团员档案常见的处理方式包括：1. 由学校统一保管，确保档案的完整性和安全性；2. 学生个人可申请查阅或复印，但需遵守学校的相关规定；3. 在升学或就业时，学校应根据需要出具相关证明。选择处理方式时，应优先考虑学校的规定和流程，确保合法合规。