超过两年的竞业限制协议部分条款无效。《劳动合同法》明确规定，竞业限制的期限应在两年内，超出此期限的部分不受法律保护。为保障双方权益，建议及时对此进行调整。
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竞业限制协议期限超过两年，通常会被认定为无效。针对这种情况，最佳的处理方式是双方重新协商并确定合理的期限，或者选择解除该协议。在做出决定时，应充分考虑双方的权益、相关法律规定以及业务需求，确保协议合法有效。
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如果竞业限制协议约定的年限超过两年，那么该协议中超出的部分应被视为无效。如果已经签订了这样的协议，建议与对方重新协商并修改相关条款，确保在合法期限内。如果无法协商达成一致，可以考虑解除该协议，但在处理过程中应注意可能涉及的违约责任及法律后果。